前述のように、遺伝子組換え体と近縁種との交雑は起こる（→Q10）。したがって、除草剤抵抗性遺伝子を持った交雑種が発生する可能性は、当然考えられる。しかし、そのような交雑種の生存、繁殖に有利になる性質は、環境によって変化するため、すべての条件で成長が良いような「スーパー雑草」を育種することは一般に困難であると考えられる。また、たとえ特定の除草剤に耐性を持った「スーパー雑草」が発生したとしても、異なる種類の除草剤を用いた駆除で対処することも可能であると考えられる。